五行学说在中医学中的应用，主要是以五行的特性来分析研究机体的脏腑、经络等组织器官的五行属性；以五行之间的生克制化来分析研究机体的脏腑、经络之间和各个生理功能之间的相互关系；以五行之间乘侮来阐释病理情况下的相互影响。因此，五行学说在中医学中不仅被用作理论上的阐释，而且亦具有指导临床的实际意义。

说明五脏的生理功能及其相互关系

(1)说明五脏的生理功能 五行学说，将人体的内脏分别归属于五行，以五行的特性来说明五脏的生理功能。
木性可曲可直，枝叶条达，有生发的特性。肝喜条达而恶抑郁，有疏泄的功能，故以肝属木。火性温热，其性炎上。心阳有温煦之功，故以心属火。土性敦厚，有生化万物的特性。脾有运化水谷，输送精微，营养五脏六腑、四肢百骸之功，为气血生化之源，故以脾属土。金性清肃、收敛。肺具清肃之性，肺气以肃降为顺，故以肺属金。水性润下，有寒润、下行、闭藏的特性。肾有藏精、主水等功能，故以肾属水。
五行学说，将人体的脏腑组织结构，分别配属五行，同时又将自然界的五方、五时、五气、五味、五色等与人体的五脏、六腑、五体、五官等联系起来。这样就把人与自然环境统一起来了。如以肝为例：“东方生风，风生木，木生酸，酸生肝，肝生筋……肝主目”(《素问·阴阳应象大论》)，这样把自然界的东方、春季、风、酸等，通过五行的木与人体的肝、筋、目联系起来，表达了天人相应的整体观念。
(2)说明五脏之间的相互关系五脏的功能活动不是孤立的，而是互相联系着的。五脏的五行归属，不仅阐明了五脏的功能特性，而且还运用五行生克制化的理论，来说明脏腑生理功能的内在联系，即五脏之间既有相互资生的关系。又有相互制约的关系。
五脏相互资生的关系：肝生心就是木生火，如肝藏血以济心；心生脾就是火生土，如心阳以温脾；脾生肺就是土生金，如“脾气散精，上归于肺”；肺生肾就是金生水，如肺金清肃下行以助肾水；肾生肝就是水生木；如肾藏精以滋养肝的阴血等等。这就是用五行相生的理论来阐释五脏相互资生的关系。
五脏相互制约的关系：《素问·五脏生成论》说：“心……其主肾也”；“肺…”其主心也”； “脾……其主肝也”；“肾，其主脾也”。；这里所说的“主”，实际上即是指制约，也即是相克。由于“克中有生”、“制则生化”，所以称它为“主”。如《素问集注》说：“心主火，而制于肾水，是肾乃心脏生化之主”。以此类推，肺属金，而制于心火；故心为肺之主；脾属土，而制于肝木，故肝为脾之主；肾属水，而制于脾土：故脾为肾之主。这就是用五行相克的理论来阐释五脏相互制约的关系。

综上所述，五行学说在生理方面的应用，可以概括为如下三点：
第一、五脏配五行，五脏又联系着自己所属的五体、五官、五志等；从而把机体各部分联结在一起，形成了中医学的以五脏为中心的生理病理体系，体现了人体的整体现。
第二、根据五行生克制化规律，阐释机体肝、心、脾；肺、肾五个系统之间相互联系、相互制约的关系，进一步确立了人体是一个完整的有机整体的基本观念。
第三、以五脏为中心的五行归属，说明人体与外在环境之间相互联系的统一性。
总之，五行学说应用于生理，就在于说明人体脏腑组织之间，以及人体与外在环境之间相互联系的统一性。

说明五脏病变的相互影响

五行学说不仅可用以说明在生理情况下脏腑间的互相联系，而且也可用以说明在病理情况下脏腑的互相影响。
五脏在生理上相互联系，在病理上也必然相互影响，本脏之病可以传至他脏，他脏之病也可以传至本脏，这种病理上的相互影响称之为传变。以五行学说来说明五脏疾病的传变，可以分为相生关系的传变和相克关系的传变。
(1)相生关系的传变 包括“母病及子”和“子病犯母”两个方面。
母病及子，是指疾病的传变，从母脏传及子脏‘如肾属水；肝属木，水能生木，故肾为母脏，肝为子脏，肾病及肝，即是母病及子。临床上常见的“肝肾精血不足”和“水不涵木”，都属于母病及子的范围。这是由于先有肾精不足，然后累及肝脏，而致肝血不足，从而形成肝肾精血不足；由于先有肾水不足，不能滋养肝木，从而形成肝肾阴虚，肝阳上亢，故称“水不涵木”。
子病犯母；又可称“子盗母气”，是指疾病的传变，从子脏传及母脏。如肝属木，心属火，木能生火，故肝为母脏，心为子脏；心病及肝，即是子病犯母，或称“子盗母气”。临床上常见的心肝血虚和心肝火旺，都属于子病犯母的范围。这是由于先有心血不足，然后累及肝脏，而致肝血不足，从而形成心肝血虚；由于先有心火旺盛，然后累及肝脏，引动肝火，从而形成心肝火旺。

(2)相克关系的传变 包括“相乘”和“相侮”(即“反侮”)两个方面。
相乘是相克太过为病。相克太过有两种情况：一种是由于一方的力量过强，而致被克的一方受到过分的克伐；另一种是由于被克的一方本身虚弱；不能任受对方的克伐，从而也可出现克伐太过的病理现象；如以木和土的相克关系而言，前者称为“木乘土”；后者称作“土虚木乘”。这两类相克太过的原因虽然不同，但其结果均可导致一方太过和一方不及。如临床上常见的肝气横逆犯胃、犯脾，均属于“相乘”致病的范围。
相侮，又称反侮，即是相克的反向而致病。形成相侮亦有两种情况：一种是由于一方太盛，不仅不受克己的一方所克制，而且对克己的一方进行反克；另一种是由于一方的虚弱，丧失克制对方的能力，反而受到被克一方的克制，从而也导致反克的病理现象。这两种相侮的原因虽然有所不同，但其结果也均是一方的不足和一方的太过。如以金克木的关系而言，肺属金，肝属木，在正常生理情况下，肺金的肃降，有制约肝气、肝火上升的作用，故称金克木。如在肺金不足或肝的气火上逆情况下，即可出现“左升太过，右降不及”的肝气、肝火犯肺的反克病理变化。
相乘与相侮，都是相克的异常而致病。《素问·五运行大论》说：“气有余，则制己所胜而侮所不胜，其不足，则己所不胜，侮而乘之；已所胜，轻而侮之”，即是对相乘和相侮的概括说明。

总之，五行学说认为五脏病变时的相互传变，均可以五行间的生克乘侮规律来阐明。并认为按相生规律传变时，母病及子的病情较轻浅，如《难经经释》说：“邪扶生气而来，虽进而易退”；子病犯母时的病情较深重，如《难经经释》说：“受我之气者，其力方旺，还而相克，来势必甚”。按相克规律传变时，相乘时的病情较深重，如《难经经释》说：“所不胜，克我也。脏气本已相制，而邪气扶其力而来，残削必甚，故为贼邪”；相侮时的病情较轻浅，如《难经经释》说：“所胜，我克也。脏气受制于我，则邪气不能深入，故为微邪”。
但是，必须指出：五脏之间的相互联系，是以它们之间的生理功能上的相互影响、相互作用、相互配合，以达到协调平衡；因此，事实上并不能完全用五行之间的生克规律来阐释。在疾病的情况下，又由于受邪的性质不同、患者禀赋的强弱，以及各个疾病本身的发生发展规律的差异，所以疾病时的五脏传变，也并不完全按照五行的生克乘侮的规律以次相传。正如《素问·玉机真脏论》有“然其卒发者，不必治于传，或其传化有不以次”的论述。可见在《内经》的时代，已认识到对于疾病的传变，不能受五行的生克乘侮规律所束缚，从实际情况出发，才能真正把握住疾病的传变规律，有效地为防病治病服务。汉·张仲景在《伤寒论》中所阐释的六经传变，清·叶天士在《温热论》中所阐释的卫气营血传变，都是从临床实际出发，在广泛的临床实践中总结出来的传变规律。

用于诊断和治疗

(1)用于诊断 人体是一个有机整体，内脏有病可以反映到体表，“有诸内者，必形诸外”，故曰：“视其外应，以知其内脏，则知所病矣”。(《灵枢·本脏》)
当内脏有病时，人体内脏功能活动及其相互关系的异常变化，可以反映到体表相应的组织器官，出现色泽、声音、形态、脉象等诸方面的异常变化，由于五脏与五色、五音、五味等都归属于五行，这即是五行学说在诊断中的应用。所以说：“上古使僦贷季，理色脉而通神明，合之金、木、水、火、土、四时、八风、六合，不离其常，变化相移，以观其妙。欲知其要，则色脉是矣。”(《素问·移精变气论》)因此，在临床诊断疾病时，就可以综合望、闻、问、切四诊所得的材料，根据五行的归属及其生克乘侮的变化规律，来推断病情。正如《难经·六十一难》所说：“望而知之者，望见其五色，以知其病。闻而知之者，闻其五音，以别其病。问而知之者，闻其所欲五味，以知其病所起所在也。切脉而知之者，诊其寸口。，视其虚实，以知其病，病在何脏腑也。”如面见青色，喜食酸味，脉见弦象，可以诊断为肝病；面见赤色；口味苦，脉象洪，可以诊断为心火亢盛。脾虚的病人，面见青色，为木来乘土；心脏病人，面见黑色，为水来克火，等等。
由于内脏精气的华彩外现于颜面，所以古人很重视面部的色诊。“天有五气，食人入鼻，藏于五脏，上华面颐。肝青心赤，脾脏色黄，肺白肾黑，五脏之常，脏色为主，时色为客，春青夏赤，秋白冬黑，长夏四季，色黄常则，客胜主善，友胜客恶”。(《医宗金鉴·四诊心法》)如果色诊与脉诊结合起来应用，从客观上能够大致反映出疾病的状况，故曰：“能合脉色，可以万全”。(《素问·五脏生成篇》)但从色脉来判断病情又与五行生克有关，“见其色而不得其脉，反得其相胜之脉，则死矣。得其相生之脉，则病已矣。”(《灵抠·邪气脏腑病形》)“色脉相合，青弦赤洪，黄缓白浮，黑沉乃平。已见其色，不得其脉，得克则死，得生则生”。(《医宗金鉴· 四诊心法》)如肝病色青见弦脉，为色脉相符，如果不得弦脉反见浮脉则属相胜之脉，即克色之脉(金克木)，为逆；若得沉脉则属相生之脉，即生色之脉(水生木)，为顺。

(2)用于治疗 控制疾病的传变：疾病的传变，多见一脏受病，波及他脏而致疾病发生传变。因此，在治疗时，除对所病本脏进行处理外，还应根据五行的生克乘侮规律，来调整各脏之间的相互关系。，如有太过者，泻之；不及者，补之，以控制其传变，有利于恢复正常的功能活动。如肝脏有病，可通过生克乘侮规律影响到心、脾、肺、肾，又可由心、脾、肺、肾的疾病影响至肝而得病。若肝气太过，木旺必克土，此时应先健脾胃以防其传变，脾胃不伤，则病不传，易于痊愈。所以说：“见肝之病，则知肝当传之与脾，故先实其脾气”。(《难经·七十七难》) “实其脾气”，就是健脾，调补脾脏之意。木旺克土，肝病传脾，必须补脾以防传变。这是用五行生克乘侮理论阐述疾病传变规律和确定预防性治疗措施。至于能否传变，则取决于脏腑的机能状态，即五脏虚则传，实则不传。所以说：“见肝之病，知肝传脾，当先实脾，四季脾旺不受邪，即勿补之。”(《金匮要略)》
在临床工作中，我们既要掌握疾病在发展传变过程中的生克乘侮关系，借以根据这种规律及早控制传变和指导治疗，防患于未然，又要根据具体病情而辨证施治，切勿把它当作刻板的公式，而机械地套用。
确定治疗原则和方法：五行学说也可用以确定治疗原则和制订治疗方法。
根据相生规律确定治疗原则：临床上运用相生规律来治疗疾病，其基本治疗原则是补母和泻子，即所谓：虚则补其母，实则泻其子”。(《难经。六十九难》)
所谓补母，主要用于母子关系的虚证，如肾阴不足，不能滋养肝木，而致“肝阴不足者，称为水不生木或水不涵木。其治疗，不直接治肝，而补肾之虚。因为肾为肝母，肾水生肝木，所以补肾水以生肝木。又如肺气虚弱发展到一定程度，可影响脾之健运而导致脾虚。脾土为母，肺金为子，脾土生肺金，所以可用补脾气以益肺气的方法治疗。针灸疗法，凡是虚证，可补其所属的母经或母穴，如肝虚证取用肾经合穴(水穴)阴谷，或本经合穴(水穴)曲泉来治疗。这些虚证，利用母子关系治疗，即所谓“虚则补其母”，补母能令子实。
所谓泻子，主要用于母子关系的实证。如肝火炽盛，有升无降，出现肝实证时，肝木是母，心火是子，这种肝之实火的治疗，可采用泻心法，泻心火有助于泻肝火。针灸疗法，凡是实证，可泻其所属的子经或子穴。如肝实证可取心经荥穴(火穴)少府，或本经荥穴(火穴)行间治疗。这就是“实则泻其子”的意思。

临床上运用相生规律来治疗，除母病及子、子盗母气外，还有单纯子病，均可用母子关系加强相生力量。所以相生的治法，主要是掌握母子关系，它的原则是“虚则补其母”，“实则泻其子”。凡母病及子，先有母的症状；子病犯母、子盗母气，先有子的症状；或单纯一脏的疾病，均可按照“补母泻子”的原则来论治。
根据相生规律确定的治疗方法，常用的有以下几种：
滋水涵木法：是滋养肾阴以养肝阴的方法，又称滋肾养肝法，滋补肝肾法。适用于肾阴亏损而肝阴不足，以及肝阳偏亢之证。
益火补土法：是温肾阳而补脾阳的一种方法，又称温肾健脾法，温补脾肾法。适用于肾阳式微而致脾阳不振之证。
这里必须说明，就五行生克关系而言，心属火、脾属土。火不生土应当是心火不生脾土。但是，从命门学说兴起以来，一般所说的“火不生土”多是指命门之火(肾阳)不能温煦脾土的脾肾阳虚之证，很少指心火与脾阳的关系。
培土生金法：是用补脾益气而补益肺气的方法，又称补养脾肺法。适用于脾胃虚弱，不能滋养肺脏而肺虚脾弱之候。
金水相生法：是滋养肺肾阴虚的一种治疗方法，又称补肺滋肾法，滋养肺肾法。金水相生是肺肾同治的方法，有“金能生水，水能润金之妙”(《时病论》)。适用于肺虚不能输布津液以滋肾，或肾阴不足，精气不能上滋于肺，而致肺肾阴虚者。
又如根据相克规律确定治疗原则：临床上由于相克规律的异常而出现的病理变化，虽有相克太过，相克不及和反克之不同，但总的来说，可分强弱两个方面，即克者属强，表现为机能亢进；被克者属弱，表现为机能衰退。因而治疗上同时采取抑强扶弱的手段，并侧重在制其强盛，使弱者易于恢复。若一方虽强盛而尚未发生克伐太过现象时，必要时也可利用这一规律，预先加强被克者的力量，以防止病情的发展。

抑强可用于相克太过。如肝气横逆，犯胃克脾，出现肝脾不调、肝胃不和之证，称为木旺克土，用疏肝平肝为主。或者木本克土，反为土克，称为反克，亦叫反侮，如脾胃湿热或寒湿壅滞，影响肝的条达，当以运脾和胃为主。抑制其强者，则被克者的机能自然易于恢复。 扶弱可用于相克不及。如肝之虚，影响脾胃健运，称为木不疏土，治宜和肝为主，兼顾健脾，以加强双方的机能。
运用五行生克规律来治疗，必须分清主次，或者治母为主，兼顾其子；治子为主；兼顾其母。或是抑强为主，扶弱为辅；扶弱为主，抑强为辅。但是又要从矛盾双方的力量对比来考虑，以免顾此失彼。
根据相克规律确定的治疗方法，常用的有以下几种：
抑木扶土法：是以疏肝健脾药治疗肝旺脾虚的一种方法。又称疏肝健脾法，平肝和胃法，调理肝脾法。适用于木旺乘土，木不疏土之证。
培土制水法：是用温运脾阳或温肾健脾药以治疗水湿停聚为病的一种方法，又称敦土利水法，温肾健脾法。适用于脾虚不运，水湿泛滥而致水肿胀满之证。若肾阳虚衰，不能温煦脾阳，则肾不主水，脾不制水，水湿不化，这是水反克土，治当温肾为主，兼顾健脾。
佐金平木法：是清肃肺气以抑制肝木的一种治疗方法，又称泻肝清肺法。临床上多用于肝火偏盛，影响肺气清肃之证。
泻南补北法：即泻心火滋肾水，又称泻火补水法，滋阴降火法。适用于肾阴不足，心火偏旺，水火不济，心肾不交之证。因心主火，火属南方；肾主水，水属北方，故称泻南补北，这是水不制火。但必须指出，肾为水火之脏，肾阳虚亦能使相火偏旺，也称水不制火，这种属于一脏本身水火阴阳的偏盛偏衰，不能与五行生克的水不克火相提并论。
五行学说在治疗上的应用是比较广泛的，它不但适用于药物治疗方面，也同样指导着针灸疗法或精神疗法等。
在针灸疗法上，针灸医家将手足十二经四肢末端的穴位分属于五行，即井、荥、俞、经、合五种穴位分属于木、火、土、金、水，临床根据不同的病情以五行生克乘侮规律进行选穴治疗。
精神疗法主要用于情志疾病。情志生于五脏，五脏之间有着生克关系，所以情志之间也存在这种关系。由于在生理上人的情态变化有着相互抑制的作用，在病理上和内脏有密切关系，故在临床上可以用情志的相互制约关系来达到治疗的目的。如“怒伤肝，悲胜怒…… 喜伤心，恐胜喜……思伤脾，怒胜思……忧伤肺，喜胜忧……恐伤肾，思胜恐。”(《素问·阴阳应象大论》)
悲为肺志，属金；怒为肝志，属木。金能克木，所以悲胜怒。
恐为肾志，属水；喜为心志、属火。水能克火，所以恐胜喜。
怒为肝志，属木；思为脾志，属土。木能克土，所以怒胜思。
喜为心志，属火；忧为肺志，属金。火能克金，所以喜胜优。
思为脾志，属土；恐为肾志，属水。土能克水，所以思胜恐。
可以看出，临床上依据五行生克规律确定治疗方法，确有其一定的实用价值。但是，应当指出，并非所有的疾病都可从五行生克这一规律来治疗，有些疾病需要用的就用，不需要用的就不用，绝不要机械地生搬硬套。换言之，在临床上既要正确地掌握五行生克的规律，又要根据具体病情进行辨证论治。
综上所述，阴阳学说和五行学说均属于唯物辩证观的哲学，渗透到医学领域后，促进了中医药学理论体系的形成和发展，并且还贯串于整个中医药学理论体系的各个方面，成为中医药学理论体系的一个重要组成部分。
阴阳学说和五行学说，虽然各有特点，是两种学说，但两者之间是有关联的，在医学领域中是综合运用的。阴阳学说和五行学说，均是以阴阳、五行的各自属性及其各自相互联系的法则为理论指导，以临床可见的各种生理、病理现象为客观指标，去分析、研究、探讨和阐释人体内在脏腑、经络等的生理功能和病理变化的。所以说；阴阳学说和五行学说在医学领域中是综合运用的。
阴阳学说着重以“一分为二”的观点来说明相对事物或一个事物的两个方面存在着相互对立制约、互根互用、消长平衡和转化的关系。阴阳学说用以解释宇宙，则认为整个宇宙即是一个对立的统一体；用以解释人体，就把人体看作是由各种对立的组织结构、功能活动所组成的统一体；用以解释人和自然的关系，则就认为人和自然又是一个对立着的统一体。
五行学说着重以“五”为基数来阐释事物之间生克制化的相互关系。五行学说用以解释宇宙，则认为整个宇宙是由木、火、土、金、水五种基本物质的生克制化所组成的整体；用以解释人体，就以五行配属五脏、五官、五体、五志等来阐释其间相互生克制化的整体；用以解释人和自然的关系，则认为自然界的五运、六气、五方、五季、五化等都内应脏腑，人体脏腑的生理活动与自然环境之间同样存在着生克制化的相互关系，而是一个整体。
由于人的生命活动、人和自然的关系是非常复杂的，其间还有许多东西还未被人们所发现和认识，而且阴阳学说、五行学说又受到历史社会条件的限制，还不能完全解释人体的生理活动，所以在医学领域中，非常强调二者综合运用，试图对人的生命活动得到较好的阐释。如《类经图翼》说：“五行即阴阳之质，阴阳即五行之气。气非质不立，质非气不行。行也者，所以行阴阳之气也”，这就充分说明了在实际运用中，论阴阳则往往联系到五行，言五行则必及阴阳。如在探讨脏腑功能时，不仅脏腑可以分阴阳，各脏都有阴阳，而且各脏生理功能之间，确也存在着相互生克制化的关系。反之，以五行的生克制化来探讨五脏之间相互关系时，又离不开五脏阴阳之间的相互联结和制约。因此，在分析研究和探讨脏腑生理活动和病理变化时，必须把阴阳和五行结合起来，才有利于正确认识脏腑之间的相互关系。
此外，又须指出，阴阳五行学说，是属我国古代的辩证唯物观，但不能否认还受到社会历史的限制，而存在着相当的局限性。因此，我们在研究人体生命活动、生理功能和病理变化时，不能停留于阴阳或五行的抽象概念；必须从实际出发，认真研究各种生理功能和病理变化，才能更实际、更具体地继承和发展中医药学，为保卫人类健康作出贡献。